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多數的作者在進行論文寫作時，鮮少注意到寫作正進行到哪個階段，因而常感到不知所措。我們可以將寫作流程細分為九個階段，并遵循著每個步驟，從而掌握寫作進度及要領，順利寫出一篇優秀的學術論文。
思考論文雛形
在正式開始之前，花5到10分鐘來沉淀心靈吧！寫下任何盤旋在您腦海中的事情，無論是需要完成的差事或是所擔心的事，而呈現方式則隨個人喜好，條列式、樹狀式、或日記型式都可以（寫日記可以幫助人們理解自己腦袋在想什么）。有時候我們會被一些枝微末節的小事所困惑，所以坐下來，寫下任何想到的事情，如此便能屏除那些讓人分心的想法，甚至想到一些對文章有幫助的點子。無論如何，在開始寫作前先把腦袋凈空；在開始寫作后也可以將筆記本放在旁邊，隨時寫下那些出現腦海里零零散散的想法。
查詢資料并且做筆記
不要只是閱讀資料，要主動且專注地做筆記。做筆記最好的方法之一是1950年代被提出來的 Cornell Note Taking System 。Cornell筆記頁分為三個區塊，右邊較大的區塊為筆記區，讓您一邊看書/聽課一邊寫下筆記；左邊的小區塊則用來記錄重要的主題以及相關的想法、問題等；下方小區塊則用來寫下簡短的摘要。
Cornell筆記頁樣板
腦力激蕩與構思
您不一定會需要這個階段。假設您已經做好文獻探討并整理好手中的筆記，那您應該十分清楚自己想論述的各個論點，接下來要做的只是將各部份的筆記組合成一篇文章。有時候我們會遇到難題而被卡住，或是在一個段落里要結合很多不同的想法，這時就需要其他方法來幫助我們澄清思緒、架構文章。首先進行腦力激蕩，給自己五分鐘時間，快速且毫不猶豫地寫下任何與研究主題相關的點子，不要花時間過度思考某一個點，即使毫無章法，仍要寫下任何想得到的東西。此外，在您完成論文寫作前，請不要丟棄這個隨手的筆記，有些想法在當下或許看似無關，但卻可能在之后忽然變得極具意義。
以心智圖構思架構
以心智圖的方式呈現腦力激蕩所得到的結果，藉此整合想法并建立文章架構。心智圖法為Tony Buzan于1970年代所提出的一種輔助思考的工具，Buzan強調圖上的每一個主題都存在著關聯性，由一個中心主題出發，在延長線上衍生更多新的想法。心智圖能刺激您的思考，藉此激發更多想法，并幫助您厘清復雜的概念。
整合心智圖并開始安排段落架構
在完成資料搜集和腦力激蕩后，便可以開始寫下一些簡短的文字，這些文字就像會議摘要一樣，為一篇論文的基本架構。在參考過許多不同的方法后，我們選出七個重點做為文章架構基礎。在您開始撰寫文章或其中一個章節前，請先瀏覽以下七點并各寫下一個句子。
焦點：廣義上的重要事實或相關故事 （In . . .）
文獻：有什么已經被研究過了？（It is argued that . . .）
缺口：有什么是缺少的？（However . . .）
迫切性：為什么這個東西現在很重要？（Without . . .）
問題：有什么是需要被探討的？（This research asks . . .）
方法：該如何進行研究？（By analyzing . . .）意涵：
有什么實際上或哲學上的影響？（This research shows . . .）
參考：Gerald Graff, Barbara Kamler and Pat Thomson, Karen Kelsky, Inger Mewburn
在簡述中加入想法，并填入段落架構
如果手邊有已經整理過的筆記，請直接將它們合并成一個新的檔案，并盡快將每個筆記間不足的地方填補起來。若先前沒有留下任何筆記，則盡可能地一次寫下所有想說的論點。
這個階段是利用寫作來反思您在研究中所獲得的東西。在此階段所寫下的東西并非是要呈現給讀者的內容，而僅是為了幫助自己思考。對許多人來說，要一直到這個階段他們才能真正厘清自己的思緒、明白自己將如何架構眼前的研究論文。例如，您可能想將某現象與理論作連結，但直到開始寫作才了解此連結背后的意涵，并真正將理論與現象結合。此步驟的重要性在于，透過寫作來幫助您重新整理腦海中的想法，厘清先前想不通或未曾發現的盲點。
盡可能加快此階段寫作的速度，以確認您是否已收集足夠的想法和論點來寫作文章。如果您能一口氣將腦海中的想法寫成粗略的草稿，便能立刻得知已完成的研究是否能與您所欲論述的觀點或手中的寫作結合，或者發現這些論點仍然不足，需要更多閱讀或做進一步思考。只要盡可能寫下您的想法，任何形式都可以，不需要過度思考或著墨。
在這個階段不需要對自己太過嚴格。在您嘗試一邊思考一邊寫作、擬稿的當下，所要做的就僅是寫下腦中所有的想法；此時您該做的并非花時間寫下完美的草稿，而只是快速的寫作，不需要回頭修改任何寫下的內容，因為還不是時候。在此階段，請讓您的思緒自由奔馳，不需要對寫下的內容進行任何批判，也不需要反覆檢查，寫完就進入下一步驟。
開始進行寫作
前面一個階段可被視為thinking writing 階段，接下來則是doing writing 階段。在經過前面幾個階段后，您已經成功寫下腦中的想法，也看過一遍，在這當中找到可以被論述的論點，手邊也有足夠的資料來發展、鋪陳，接著便是時候改變寫作型態了。在此階段，寫作不再是為了幫助思考，而是用來向讀者展示、論述或證明您的想法及觀點。檢視您先前寫下的每一個簡短、粗糙的句子，設法把您初步的想法轉變為意思清晰、明確的陳述句，使讀者能直接接收您所欲傳達的內容。
當進行到某一程度，或卡在某個點上的時候，您可以問問自己：我現在在做什么？是否已達成目的？想想自己在這個階段遇到什么問題和困難，并寫下答案。在經過不斷的反思后，您將發現寫下的答案都能在寫作中派上用場。在寫作過程中，您可能會碰上指導教授無法替您解決的、根本的問題，因此得學著自己解決。
自我檢視與檢討
在批判階段，您開始審閱、編輯前面寫好的文章內容。假設您在沒有過度思考的前提下寫出了大量文字，現在該做的便是提出問題，并依答案精簡您寫好的文章，使其更具條理及連貫性。此階段您可以盡可能的挑剔，大膽刪去不相干的內容，使段落與段落間更加緊密。
精簡化并舍去冗文贅字
Killing your darlings被用來指稱編輯時最殘忍的部分，意即刪除您很喜歡、但卻沒有實際貢獻的文字。Darlings指的是過于累贅、或是因為作者個人偏好而出現的句子或段落。在小說中，這可能是指某個角色、或是一些優美但卻對故事發展沒有幫助的文句。在學術寫作中則是指離題的段落／句子，或是某個很吸引您但卻扭曲文章論點的部分。
在此階段您可采用以下兩步驟：
將考慮拿掉的文字先劃上刪除線，然后重新閱讀不含刪除線的文章內容，隨后再確認是否正式刪除劃線部分文字。
將刪除的文字另存至一個新的檔案中，開一個新的資料夾來保存在此次寫作中沒派上用場的文字和資料。在每次寫作過程中，都會有許多未使用但卻很重要的資料，當中甚至包含在文章撰寫初期出現的、有價值的想法。在處理這些文字時請保持謹慎，寫作學術論文是為了清楚傳達您的論點，而為了達成此目的，您必須盡可能排除任何可能模糊文章焦點的內容。

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